Oltre alla Chiesa, il complesso di Santo Spirito è composto dal convento e dai due Chiostri, detti dei Morti e Chiostro Grande. Il Chiostro dei Morti deve il suo nome alla grande quantità di lapidi funebri che ne affollano le pareti. L’antica vasca è rimasta intatta e può oggi essere ammirata al centro di Piazza Santo Spirito. Costruito intorno al 1600 dall’architetto Alfonso Parigi, al chiostro si accede attraversando il vestibolo della Sagrestia di Santo Spirito.